清洗：发酵罐罐体会直接与培养物接触，其表面光洁度以及内部构件的清洁度是直接影响染菌情况的关键因素。所以在每次发酵结束后和二次使用前，都必须对发酵罐罐体及相关配件进行清洗。清洗时需要注意电器元件和电极接口不能受潮，这里建议清洗前取出pH、DO电极，并按规定保养。
清洗发酵罐罐体内部可配合进气、搅拌、加温等一起进行，也可打开罐盖用软毛刷刷洗罐内，方法如下：
关闭电源取下罐盖口电极、电机及连接线；
拔下进气胶管和冷凝器快速接头；
拆下进气过滤器上的胶管与接头；
将罐盖和搅拌系统一起垂直向上，小心拆卸，并横置于桌面，注意不要碰撞到搅拌轴和桨叶，并用中性洗涤剂清洗罐体及内部；
注意事项：
清洗罐盖时只能抓住轴套或顶盖，不能着力搅拌轴、桨叶或其它易变形部位；
在清洗同时，应对阀门处的O型密封圈进行检查，如发现变形、老化、划伤等现象需及时更换；
清洗完毕重新安装完成，应擦干发酵罐上的水迹；
小心拧紧罐盖螺丝，注意罐盖与罐体间的缝隙；
对于实验室玻璃发酵罐的清洗应特别要小心，拆装时不要碰撞，以免损坏玻璃罐体。
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